墨西哥司法机构实行“双轨制”，即联邦和各州都有自己的法院系统，两者之间没有从属关系。联邦法院系统适用联邦宪法和联邦法律。各州法院系统除适用联邦宪法和联邦法律外，还适用州宪法和州法律。根据宪法规定：“联邦的司法权属于最高法院、巡回法院和地区法院。”联邦法院系统主要是受理涉及联邦性质的案件，如以联邦为当事人的诉讼，州与州之间的诉讼，同州立法、行政、司法机关之间的诉讼，关于大使、公使、领事的案件。全国最高法院由11名大法官组成，任期15年。大法官由总统提名，参议院任命。非经总统弹劾，不得被免职、撤职。现任最高法院院长为吉列尔莫·奥尔蒂斯·马亚戈伊迪亚。全国最高法院下设刑事庭、民事庭、劳工庭、行政庭和辅助庭。巡回法院是联邦上诉级法院，其法官由全国最高法院任命，任期4年。巡回法院分合议制和独任制两种。合议制巡回法院由3名法官组成，受理有关保护个人宪法权利的案件。独任制巡回法院由1名法官单独审判，受理上诉案。地区法院系联邦初审法院，其法官亦由全国最高法院任命，任期4年。联邦政府设有共和国总检察院和联邦区司法总检察院。总检察长由总统任命。现任联邦总检察长为爱德华多·梅迪纳