大约在公元前6～前4世纪时期，洪都拉斯西北部属著名的玛雅帝国的一部分，印第安人是这块土地上最早的居民。大约在11世纪，玛雅人的后裔托尔卡特人移居到洪都拉斯，著名的科潘遗址就是他们所建造的，当时的印第安人主要以狩猎、采集、捕鱼和耕地为生，基本上处于原始公社阶段。1502年7月30日，哥伦布第四次航行美洲时，他所率领的船队抵达巴伊亚群岛的瓜纳哈岛。8月14日在特鲁希略附近登陆。1524年3月，希尔·冈萨雷斯·达维拉（他曾是当地的殖民官员），在发现尼加拉瓜湖返回后，率兵从圣多明各出发，向洪都拉斯海岸进发，在奥兰乔地区与征服尼加拉瓜的科尔多瓦远征军交战。与此同时，在卡瓦约港，另外两支西班牙远征军，即奥利德的军队与F.德拉斯·卡萨斯的部队，也在交战。结果，两边的胜利者达维拉和卡萨斯方面留下的110名殖民军官兵于1525年5月18日建立了特鲁希略城；9月，来自墨西哥的科尔特斯的军队在科尔特斯港附近建立了纳迪维达特城，并任命费尔南多·萨维德拉为总督。次年，由迭戈·洛佩斯·德萨尔塞多取而代之。此后，直到1536年，政权更迭都较为混乱。1536年，塞莱塞达传位于佩德罗·德阿尔瓦拉多，后者于当年建圣佩德罗