洪都拉斯先于1821年9月15日宣布独立，并于1838年退出“中美洲联邦”，成为独立的共和国。1840年在危地马拉独裁者拉·卡雷拉德支持下，洪都拉斯保守派弗·费雷拉建立了独裁政府。在随后的30年里，保守派一直独掌政权。在此期间，在危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜等邻国的干涉和支持下，洪都拉斯自由派和保守派为争夺政权而发生冲突甚至内部战争，政局动荡不安，国内金银矿开采遭到破坏，农业生产落后。从19世纪40年代起，美国侵占了洪都拉斯的东部地区和位于加勒比海的巴伊亚群岛，并攫取了丰塞卡湾蒂格雷岛煤矿开采权。外部势力的介入使洪都拉斯原本动荡的政局更为恶化。1856年后，洪都拉斯与尼加拉瓜共同抗击美国海盗沃克入侵，并于1860年将其处决于特鲁希略的海滩。19世纪60年代，梅迪纳政府向英国大举借债，修建一条由科尔特斯港到圣佩德罗苏拉的窄轨铁路，但此举并未改变洪都拉斯大部分地区的落后面貌，反而背负了沉重的债务包袱，以致洪都拉斯在近一个世纪里裹足不前。1872～1903年可谓洪都拉斯追求“秩序与进步”的时代。19世纪70年代早期，在危地马拉和萨尔瓦多，以追求所谓“秩序与进步”的新自由主义取代了保守党的统治