洪都拉斯是个多山的国家，境内75%以上为山地。蜿蜒起伏的山脉由西向东穿过中部地区，最高山峰为海拔2849米的拉斯米纳斯山。各支山脉之间形成了许多盆地和河谷地带，较大的盆地有西利亚和雷帕古阿莱盆地。主要河谷有科马亚瓜和哈马斯特兰河谷。全国分为4个自然地理区：东部低地区、北部沿海冲积平原区、中部高地区和太平洋低地区，其中沿海冲积平原区是全国农牧业生产基地。