洪都拉斯河流众多。其中，乌鲁河是最重要的河流，它全长400多公里，流向加勒比海，流经洪都拉斯重要的经济区域——苏拉河谷；帕图卡河是境内最长的河流，它全长482公里，也是中美洲第二大河。此外，主要的河流还有流经首都的乔卢特卡河、与尼加拉瓜交界的科科河和内格罗河以及与萨尔瓦多的界河等。洪都拉斯的河流多发源于内陆山区，其中内格罗河、乔卢特卡河、纳卡奥梅河、戈阿斯克兰河最后注入丰塞卡湾；伦巴河经萨尔瓦多注入太平洋；扎梅莱孔河、乌鲁河、帕图卡河以及科科河注入大西洋。然而，大部分河流浅而湍急，不利于航行。因此，一些河流重要性不在于其航运功能，而在于因河流而形成肥沃谷地。洪都拉斯最大的湖泊是约华湖，面积400平方公里。北部海岸线为693公里，南部海岸线162公里。主要岛屿有巴伊亚群岛和底格雷群岛。