危地马拉共和国国旗脱胎于原中美洲联邦国旗。1821年9月15日，危地马拉宣布中美洲独立。翌年1月25日，合并于墨西哥。1823年3月墨西哥伊图尔维德帝国崩溃后，危地马拉与其他中美洲四国组成“中美洲联合省”（次年改为中美洲联邦）。同年8月21日，中美洲联合省政府下令设立国旗和国徽，国旗颜色为蓝色和白色，象征团结、和平和自由。23日，中美洲联合省国民立宪大会下令所有中美洲国家使用联合省旗，即自上而下由蓝、白、蓝三个平行长方形组成的国旗。1825年1月20日，国民立宪大会宣布上述国旗为危地马拉国旗。1838年中美洲联邦解体，1839年危地马拉成为独立国家，上述国旗一直沿用下来。1851年3月14日，危地马拉总统马里亚诺·帕雷德斯将军（Maríano Paredes）下令采用新国旗。在新国旗旗面上，原国旗上方和下方的蓝色长方形被一分为二，上方长方形的左半部改为红色，下方长方形改为黄色。1858年危地马拉总统拉斐尔·卡雷拉将军再次更换国旗，从当年5月31日起使用由7个长方形组成的国旗。旗面上有2个蓝色长方形、2个白色长方形、2个红色长方形和1个黄色长方形，次序是蓝色、白色、红色、黄色、红色、白色