墨西哥是危地马拉的邻国，危地马拉历来重视同墨西哥的关系。危地马拉军政权统治时期，两国关系冷淡，曾发生纠纷。1959年1月31日，墨西哥因危地马拉军队攻击墨西哥渔船，宣布中断同危地马拉的关系；后又因难民问题两国发生过边境冲突。20世纪90年代以来，两国关系得到改善和发展，双方互访增多，并签署了一系列协议。1995年6月，墨西哥总统塞迪略访问危地马拉。1996年2月，危地马拉新总统阿尔苏访问墨西哥。1997年10月，危墨两国总统签署合作协议，墨西哥向危地马拉提供4550万美元的财政支持。1998年两国签署了教育、文化和科技合作协议。“米奇”飓风袭击中美洲后，墨西哥向危地马拉提供了150万美元捐款和一批援助物资。波蒂略总统上台后，强调发展同主要贸易伙伴墨西哥的关系是危地马拉外交的优先目标。墨方也给予积极回应，墨西哥总统福克斯当选后即赴危地马拉访问，并与波蒂略会晤。两国还就自由贸易协定最终达成协议，于2001年1月起执行。2001年3月，墨西哥与中美洲北三角国家的自由贸易协定正式生效。2002年2月，波蒂略总统再次出访墨西哥，向福克斯总统表示将加快边境设施建设，设立共同海关，简化货物通关手续，