1524年，危地马拉沦为西班牙殖民地，从此，危地马拉人民遭受了300多年的殖民统治。1527年，西班牙在危地马拉设立了都督府，危地马拉都督辖区的管辖范围包括危地马拉、洪都拉斯、萨尔瓦多、哥斯达黎加、尼加拉瓜和恰帕斯。1821年9月15日，通过《中美洲独立宣言》，包括危地马拉在内的中美洲诸省宣告独立。1822年1月25日，中美洲诸省合并于墨西哥。6月24日，原危地马拉都督辖区成立国民议会。7月1日，在国民议会召开的会议上宣布脱离墨西哥成立“中美洲联合省”（次年改成中美洲联邦），成员包括危地马拉、洪都拉斯、萨尔瓦多、尼加拉瓜和哥斯达黎加，首都为危地马拉城。恰帕斯没有加入联合省，而是并入墨西哥。1824年11月22日通过宪法，并于次日生效。1838年4月，以拉斐尔·卡雷拉为首的保守党发动叛乱，中美洲联邦解体。1839年，卡雷拉宣布废除“中美洲联邦条约”，危地马拉成为独立的共和国。此后，直至20世纪40年代初，军人长期把持危地马拉的国家大权，政治腐败，经济落后，社会矛盾尖锐。