20世纪60年代，尼加拉瓜同本地区其他4国共同创建中美洲共同市场。70年代哥斯达黎加和巴拿马政府曾支持尼加拉瓜人民反对索摩查独裁的斗争。桑解阵执政期间，尼同洪都拉斯、萨尔瓦多、哥斯达黎加等邻国的关系时紧时松。1990年4月，查莫罗夫人当选总统，尼同邻国关系明显改善。1992年尼主动撤销1986年在海牙国际法庭对洪支持尼反政府武装的指控。1993年4月，尼加拉瓜与萨尔瓦多、危地马拉和洪都拉斯组成4国集团，允许商品和人员在4国间自由流动。1997年初，尼政府首次派20名代表参加中美洲议会。90年代初，进入哥斯达黎加的尼加拉瓜移民与日俱增。1995年1月，两国外长就移民问题达成协议。4月3日两国政府又签署双边公报，就巩固和加强双边关系并解决边界问题表示了良好的愿望。1999年米奇风灾后，又有16万尼难民涌进哥斯达黎加，两国关系紧张起来。2000年夏，两国总统就圣胡安河航行权问题达成协议。2001年10月，两国界河航行冲突加剧，尼方表示将对哥进口产品征收35%关税，哥政府将尼单方面行为告上海牙国际法庭。2005年9月，哥议会通过法案，要求控制进入该国的尼非法移民，并将两国关于非法移民和圣胡安河