巴拿马地处热带，但由于濒临两洋，雨量充沛，气温和湿度变化不大。太平洋沿岸气温较加勒比海沿岸为低，山区较平原为低，西部山区偶有结霜天气，全国大部地区每日温差较小，黄昏过后有海风吹拂。沿海地区平均气温29℃，平均相对湿度90%。巴拿马城旱季的温度在24～29℃，一般不会超过32℃。全国降雨按地区分布，年降水量从1700/1300毫米到4000/3000毫米不等。雨季通常为每年5～12月，来自北部和东北部加勒比海以及西南部太平洋的海风所带来的大量水蒸气，是影响降雨的主要因素。加勒比海沿岸降雨量远远多于太平洋沿岸，巴拿马城的降雨量一般为科隆的一半左右。雨季降雨虽然较多，但通常每次仅持续1～2小时，且总是在午后。