自巴拿马脱离哥伦比亚独立以来，巴拿马同哥伦比亚的关系长期处于冷淡状态。两国关系受制于两国接壤地区的自然环境：边界地区属荒野山区，人烟稀少，从而阻碍了相互间的密切交往。20世纪末期，两国关系有所改善。但哥伦比亚的内部冲突有时会波及巴拿马达连地区，哥伦比亚居民或游击队越界进入巴拿马成为巴拿马政府的一个主要安全关切。2003年年初，两国政府达成共识，建立一支常设的安全部队驻扎在边境地区，防止哥伦比亚游击队或准军事力量成员进入巴拿马。近年来，巴拿马同哥伦比亚的贸易关系发展较快，哥伦比亚已成为科隆自由区的一个主要客户。2004年，科隆自由区再出口贸易的16%输往哥伦比亚。但2005年，哥伦比亚认为科隆自由区再出口商品中部分来自亚洲的商品侵犯了知识产权，决定对科隆自由区商品实施限制措施。2006年，巴拿马政府表示，如果两国间的双边谈判无法取得进展，巴拿马将把这一问题提交世界贸易组织。在巴拿马人民长期争取收回运河区主权的斗争中，曾得到拉美国家广泛的同情和支持。80年代，大多数拉美国家经济陷入困境，巴拿马同拉美国家的经济交往趋于减少。在80年代末巴拿马政治危机中，拉美多数国家不满诺列加的政策，希望巴国