地理大发现的直接后果之一，是通过殖民征服，建立殖民制度。由于葡萄牙和西班牙是新航路的最早开辟者，使它们成为最早的殖民征服者。但因两国本身的实力不同，致使其所采取的殖民征服和统治方式也有区别。从葡萄牙来说，16世纪初，葡萄牙人口约150万人，经验和军事实力相对弱于其他欧洲大国，不可能在亚非大陆建立庞大的殖民帝国，因而葡萄牙采取的主要方式是在通往东方的新航路沿岸及周围地区建立军事据点，建立海上霸权，控制商路，进行掠夺性贸易。1497～1499年第一次航行成功，1502年达·伽马又率20艘武装商船再征印度后，葡萄牙殖民者在几年内占领了非洲东海岸的莫桑比克、基尔瓦、索发拉、桑哈巴尔等地，并将这些据点作为从西欧到东方漫长航线的补给站。1506～1508年，又先后占领了红海口的索科特拉岛、波斯湾口的霍尔木兹岛和印度西北海岸的第乌港，从而控制了红海、波斯湾到印度的海路。1509年葡萄牙舰队在第乌港外的海面上击败了土耳其、阿拉伯和印度的联合舰队，巩固了在这一带的海上霸权。1510年侵占印度的果阿，1511年占领马六甲。随后在科隆坡、爪哇、苏门答腊、加里曼丹、苏拉威西、摩鹿加群岛建立商站。1557年将澳