摩尼在世时对他的教徒规定了一系列的清规戒律，在以后的漫长传播过程中又有所增益。摩尼教的戒律概括为“三封”和“十诫”。三封是口封、手封和胸封。口封是在饮食和言语方面的戒制，即不吃酒肉，不说谎言；手封是对行为的戒制，即在暗中不做坏事；胸封是对思想及欲望的戒制，胸封也称为阴部封，即要戒制淫欲。在三封中特别重视的是不杀生和禁淫欲。十诫是：①不拜偶像；②不妄语；③不贪欲；④不杀生；⑤不奸淫；⑥不偷盗；⑦不欺诈或托言魔术；⑧不二心或不疑念；⑨不怠惰；⑩每日进行4或7次祈祷，实行斋戒和忏悔。十诫对僧俗一般没有重要区别，但对僧侣则规定不准结婚和肉食，也不允许聚敛私财，主要依靠俗信者供食，每日一食，每年一衣。主要祭祀是纪念教祖殉教的比玛祭（Bēma），每年一度，在3月中举行。据最近我国发现的摩尼教寺院文书，该教在传入中亚和新疆后，其寺院一般都拥有土地和财产，经营商业和放高利贷，对依附的农户进行严重的盘剥，僧侣的生活养尊处优，对饮食、衣着都有奢侈的规定，已改变了早期的安贫生活。