在巴尔干半岛上，不同历史时期存在着不同的宗教流派。1054年半岛上的罗马基督教会分裂后，西半部受罗马天主教会影响，而东半部属于拜占庭东正教会的势力范围。此后多个世纪以来，两个教会、两种宗教势力表面上争夺的是宗教信徒，而实际争夺的是各自的政治利益。自15世纪奥斯曼帝国征服巴尔干半岛后，它带来了新的宗教——伊斯兰教。从此，天主教徒和东正教徒之间的矛盾有所缓和，因为他们都面临着伊斯兰教的扩张。由于人种关系复杂和多民族混居情况严重，所以，巴尔干半岛不仅存在罗马天主教、拜占庭东正教和奥斯曼帝国传入的伊斯兰教，而且在每个国家，宗教和教会又各有特色：有的国家的人们以信仰天主教为主，有的国家的人们主要信奉东正教，有的国家中则是伊斯兰教占主导地位。南斯拉夫联邦是巴尔干半岛上三大宗教竞争最激烈的地方。由于受传统的东西方政治和文化的影响及历史上受奥斯曼帝国和奥匈帝国的统治，南斯拉夫联邦国家按东西两大部分分别属于不同的政治、经济、宗教和文化，历史地形成了三种主要宗教：东正教、天主教和伊斯兰教。在南斯拉夫联邦解体之前，各种宗教团体约有35个。这些宗教团体所属的教徒人数有几十万人至几百万人不等，神职人员约有两万名