由于土质、气候、雨水分布的不同，印尼各地植物的种类和生长情况亦有所不同。如雨水充足的苏门答腊、加里曼丹和巴布亚等地区长有茂密的森林和热带雨林。爪哇东北部则生长着季节林，每逢旱季来临，其热带雨林会转变成季风型森林，其中柚木最为典型，其树叶凋谢。根据地势高度，印尼植物可分为四大类：海拔700米左右的地方有原始热带雨林；海拔1500米左右的地方有茂密的森林；海拔2500米左右的地方有灌木丛；海拔2500米以上的地方仅有稀疏的杂草和矮木丛。印尼森林面积约1.43亿公顷，主要树种有椰树、榕树、棕榈树、橡胶树、木棉树、金鸡纳树、菩提树。珍贵的木材有柚木、檀木、铁木、龙脑香木等。印尼还盛产咖啡、甘蔗、棉花、茶叶、烟草、丁香、奎宁等经济作物。印尼早在古代就以香料群岛闻名于世，当地纯正的胡椒、桂皮、豆蔻等香料远销世界各地。主要农产品是稻米、玉米、木薯、花生等。在花卉中，尤以兰花最为普遍。