印尼动物种类主要分为亚洲和澳洲两类，而巴厘和龙目海峡是亚、澳两洲动物种类分界线，西部的是亚洲种类，东部是澳洲种类。在印尼，动物种类的分布不能简单地以地区划分，有的动物隔岛就没有，如加里曼丹虎和苏拉威西的鹿猪，其他岛屿就没有。印尼哺乳动物约650种，禽类约2000余种，昆虫类不计其数。印尼最常见的哺乳动物是猿猴类，如：加里曼丹的天狗猴、苏拉威西的黑狐猴、苏门答腊的银叶猴和巴厘的长尾猴等；猩猩常见于苏门答腊和加里曼丹岛。大象常见于苏门答腊和加里曼丹岛，单角犀见于巽他岛，目前仅剩下几十头的犀牛见于西爪哇，野牛、卷尾袋鼠见于苏拉威西和马鲁古群岛。印尼的老虎有3种：加里曼丹虎、爪哇虎和苏门答腊虎。印尼爬行动物以鳄鱼、巨蜥和蟒蛇为主，其最珍贵的动物是生活在东努沙登加拉岛的科莫多（Komodo），科莫多是600万年前的史前动物，身长2～3米，形状类似大蜥蜴。世界上唯有印尼有这种动物，它与中国的大熊猫齐名。印尼珍贵的动物还有帝汶岛的飞蜥和巴布亚的皇冠鸽等。印尼禽类主要有：爪哇的绿孔雀，苏拉威西、加里曼丹和巴布亚的极乐鸟，东努沙登加拉的长尾鹦鹉，巴厘的班椋鸟，马鲁古的黑头鹦鹉，爪哇和苏门答腊的犀鸟等。