1984年1月，苏哈托总统致电文莱苏丹哈桑·博尔基亚，祝贺文莱独立。2月，印尼即同文莱互派大使。两国同语言文字、同民族、同宗教，文化及其他方面合作密切，来往频繁。印尼帮助文莱训练行政和军事人员。两国领导人多次互访，苏哈托总统分别于1989年和1991年两访文莱，文莱苏丹也曾多次赴印尼访问。1996年4月，苏哈托夫人去世，文莱苏丹前往印尼参加葬礼。1998年2月，文莱苏丹赴印尼出席不结盟运动“南南技术合作中心”揭幕仪式。该中心由文莱和印尼合作建成，耗资1060万美元，大部分由文莱出资捐献。同年9月，苏丹陛下又赴印尼进行私人访问，向印尼提供了12亿美元的备用贷款，以帮助印尼克服因亚洲金融危机带来的困难。1995年8月苏哈托下台后，瓦希德总统和梅加瓦蒂总统又分别于2000年2月和2001年8月访问了文莱。2003年4月，文莱苏丹又对印尼进行国事访问。双方就双边关系和伊拉克、朝核等问题进行了探讨。访问期间，文莱苏丹还参观了印尼陆军特种部队总部、海军总部并出席印尼卡加玛查大学授予其名誉博士的仪式。双方还签署了加强防务合作的谅解备忘录。印尼与文莱经贸关系良好，但因两国间无海运相通，双边贸易额较小，