第二次世界大战时期，日本一度侵占印尼，给印尼人民造成深重的灾难。1947年印尼与日本互设领事馆并于1953年互派总领事。1958年1月，两国签订和约和战争赔款及经济合作协定，日本向印尼支付2.23亿美元战争赔款。同年4月15日两国正式建交。两国建交后，双方关系特别是经贸关系日益密切。两国领导人互访频繁。继1989年2月苏哈托总统前往日本出席裕仁天皇葬礼后，曾于1990年、1992年和1993年先后3次访问日本，瓦希德和梅加瓦蒂接任总统后也分别于1999年11月和2001年9月出访了日本。日本方面，除1991年日本明仁天皇访问印尼外，日本历届首相都要赴印尼访问。近年来，两国领导人不断在东盟首脑会议、亚太经合组织领导人非正式会晤、亚欧峰会等场合进行会晤，磋商和交流彼此关心的问题。印尼赞赏日本在国际社会承担更大责任，支持日本参加联合国的维持和平行动，有条件地支持日本成为安理会常任理事国，但反对日本发展核武器，呼吁日本承认日军在二战期间在东南亚地区犯下的战争罪行，认为每个国家必须面对历史。由于印尼是日本海上石油生命线的必经之地，日本对印尼的局势稳定与领土完整十分关注，非常重视同印尼的关系，多次