1950年5月印尼与澳大利亚建交。两国互为最大的邻国，双方都十分重视双边关系。80年代澳大利亚霍克和基廷两届政府均强调与亚洲国家，特别是东南亚国家关系，称澳大利亚是东亚太平洋的一部分，认为印尼的繁荣与稳定涉及澳大利亚的战略利益，当时两国关系得到全面发展。基廷总理多次访问印尼，两国签订了贸易、经济、文化、教育、医疗卫生、渔业、科技等合作协议以及避免双重征税、促进与保护投资、保护知识产权等协定，成立了部长论坛、科技联委会等。两国军方合作频繁，多次举行联合演习。1995年12月18，两国签署《印尼澳大利亚维护安全协定》，在安全领域开展全面战略合作。1996年9月，霍华德总理选择印尼为其出任总理后出访的第一个国家。至此，印尼理顺了与澳关系，赢得了一个比较稳定的南部边界环境。苏哈托下台后，印尼与澳关系一度发展势头不错，澳大利亚祝贺并支持印尼民主化并向印尼提供经济和社会发展援助以及大选技术支持。哈比比政府实施开发东部国土的计划，对澳寄予厚望，澳大利亚唐纳外长和国防部长巴里克分别于1999年2月和3月访问印尼。但1999年澳积极插手东帝汶问题，提出组建多国维和部队进驻东帝汶，引起印尼极大不满，宣布取