印尼与葡萄牙曾有外交关系。1975年印尼出兵东帝汶后，葡萄牙宣布与印尼断交，并坚决不承认印尼的吞并。自此，东帝汶问题一直成为影响两国关系发展的主要因素。1983年，在联合国秘书长德奎利亚尔的推动下，开始举行有关东帝汶问题的联合国秘书长、印尼和葡萄牙外长三方会谈，1999年5月达成最终协议，同意在东帝汶就是否接受印尼政府提出的自治方案进行全民公决。东帝汶独立进程启动后，两国就此保持密切接触。哈比比接任总统后，两国关系得到一定改善，1999年1月30日，双方互设利益代表处，并于同年11月28日发表联合公报，宣布两国正式恢复大使级外交关系。2000年葡萄牙外长伽马对印尼进行了访问。2001年12月，葡萄牙青年与体育部长访问印尼时表示，葡方愿向印尼派遣体育专家，提供技术培训并加强两国间体育友好往来。2003年7月，印尼外长哈桑访问葡萄牙，这是1999年11月两国复交后印尼外长首次访葡，双方签署了避免双重征税协议。