横跨赤道的大洋洲巴布亚岛是世界最大岛屿之一，该岛一分为二，东半部原是英国殖民地，西半部则是荷兰殖民地。殖民主义统治结束后，东巴布亚成为独立国家“巴布亚新几内亚”（下称“巴新”），而西巴布亚则于1961年（1969年联合国大会承认）划归印尼，成为如今印尼最东端的“伊里安查亚省”。但印尼与巴新的边界划分问题迄今仍悬而未决。60年代以后，伊里安查亚的分裂主义势力——“解放巴布亚运动”一直以巴新为据点从事分裂活动。80年代后期，巴新主动改善与印尼的关系，关闭了“解放巴布亚运动”在巴新的据点，开展与印尼军方的往来与合作，与印尼成立了边界联委会。1987年两国签订《印尼和巴新相互尊重、友好和合作条约》，规定双方都不向对方国家的政治反对势力提供保护。1989年9月，巴新外长索马雷出席了巴新驻印尼查亚普拉（伊里安查亚省的省府）总领馆开馆仪式。1991年8月，印尼外长阿拉塔斯访问巴新，并出席印尼驻巴新瓦尼莫总领馆开馆仪式。2000年9月，梅加瓦蒂副总统访问巴新，庆祝两国建交25周年，双方签署了贸易协定。2003年6月，印尼与巴新举行首次部长级联委会，修订了边界安排协议。巴新重视与印尼发展经贸关系，两国间