东帝汶原为葡萄牙殖民地。1975年葡萄牙允许东帝汶举行公民投票，实行民族自决。11月宣布成立东帝汶民主共和国。同年12月，印尼出兵东帝汶，1976年宣布东帝汶为印尼第27个省。对此，联合国大会通过决议，并多次审议东帝汶问题，要求印尼撤军，呼吁尊重东帝汶的领土完整和人民自决权利。20世纪90年代后期亚洲金融危机和印尼政权更迭后，在内外压力下，印尼总统哈比比于1999年1月同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。1999年8月东帝汶通过全民公决脱离印尼，双边关系逐渐正常化。东帝汶脱离印尼后，与印尼的关系逐步改善。1999年10月，帝汶抵抗全国委员会主席夏纳纳访问印尼，与瓦希德总统讨论了东帝汶难民安置、东帝汶政治犯释放、印尼军队停止支持东帝汶民兵等问题，双方表示要忘却过去、展望未来，做真正的朋友。2000年2月，瓦希德总统访问东帝汶，为印尼过去的所作所为向东帝汶人民道歉。双方先后就边境安全与合作、海上界线、东帝汶在印尼建立外交机构等问题展开磋商，成立东帝汶—印尼联合边境委员会，签署边境非军事化和人员交流等协议。2002年5月，梅加瓦蒂总统应邀出席东帝汶独立庆典，并在夏纳纳总统陪同下凭吊在东