6月4日，基南开始代表检察方进行陈述，宣读起诉书。起诉书前言叙述了审判的正义性，强调这是一次对破坏人类社会自由与尊严的行为的审判，是维护世界文明的斗争和防止破坏人类文明的有效手段。辩护方对法庭采用的被起诉对象的事实与证据提出异议，但再次为首席法官驳回。6月13日以后，审判开始进入起诉与举证阶段，一直持续到第二年的1月24日。对被告的起诉理由共计55条，由第一类“反和平罪”（1～36条）、第二类“屠杀”（37～52条）和第三类“通行的战争犯罪和反人道罪”（53～55条）组成。起诉书共分十部分，分别是：第一部分：战争准备阶段，即进行军国主义教育及警察镇压与威胁的侵略战争准备阶段，包括关东军炸死张作霖的事件。第二部分：九一八事变阶段，即以这一事件为中心，日本国内的革新运动、日本与伪满的关系、在中国东北的殖民统治等。在起诉这一部分罪行的时候，检查方以制造事变的田中隆吉（7月5日）和伪满皇帝溥仪（8月16～27日）为证人，引起了相当大的轰动。尽管天气炎热，但法庭的旁听席连日满员，基南首席检察官亲自询问溥仪，也是很少见的现象。第三部分：卢沟桥事变阶段，即对中国的残暴行为、鸦片政策、经济侵略，包括以