东盟成立40多年来，经历了主要职能的变迁和成员的扩张，组织结构和运作方式发生了许多变化。从1967年成立到1976年第一届东盟首脑峰会期间，东盟以外长会议为最高决策机构；设置常务委员会在外长会议闭幕期间处理日常事务；在每个成员国成立负责协调东盟事务的秘书处。1976年的第一届首脑峰会上对东盟的组织机构进行了重大改革，最主要的是设立了常设的东盟秘书处，形成了完整的部长会议体系。1992年的第四届东盟首脑峰会再次调整了东盟的组织机构，一方面，本次会议决定将首脑峰会常态化、正规化，定期召开；另一方面，东盟秘书处的职权得以提高；还设置了专门的经济高官会议负责《共同有效关税协定》的执行情况，用以推动东盟内部自由贸易区的建设。2007年11月20日在新加坡举行的第13届首脑会议上，东盟成员国领导人签署了《东盟宪章》，这是一部对成员国具有普遍意义的法律文件，对东盟发展的目标、原则地位及框架作出了规定。形成了目前比较稳定的组织结构。即东盟以东盟峰会的决策为最高纲领，相关的文件、事务则由东盟秘书处负责起草并监督实行。东盟内部各个方面的合作都需要磋商，因此东盟成员国建立起了部长会议机制，以方便在同一领域内