16世纪是厄立特里亚历史的一个重要转折点。这时，横跨欧、亚、非的奥斯曼土耳其帝国兴起，并开始向非洲之角地区扩张。1517年，奥斯曼土耳其军队占领马萨瓦港，并封锁了内地。1557年，土耳其人开始向厄立特里亚内陆高原地区渗透，占领了高原的一些地方。1589年，土耳其人在与埃塞俄比亚军队的战斗中被打败，被迫撤至沿海，但仍然维持着对红海沿岸的控制权。1636年，埃塞俄比亚封建王朝的政治中心南移到贡德尔。厄立特里亚的贵族们纷纷来到贡德尔，向皇帝表示效忠，为朝廷效力。17世纪末，土耳其帝国的军队再次占领厄立特里亚沿海地区，并试图封锁沿海与内地的贸易。伊雅苏一世亲自率军队赴前线作战，打破了土耳其人的封锁。18世纪埃塞俄比亚与厄立特里亚继续保持着密切的关系。当时绘制的埃塞俄比亚地图把阿克苏姆作为中心，周围是12个地区，其中最北面的3个地区是塞拉依、哈马西恩和布里。在“王子纷争时代”（1769～1855年），埃塞俄比亚处于分裂状态，厄立特里亚的“海边之地”实质上也独立于中央政府，成为独立的诸侯国，但它与邻近的提格雷地区仍然保持着密切的联系。1855年提沃德罗斯二世登上王位后，加强了对厄立特里亚的控制。与