厄立特里亚司法权由各级法院行使。根据厄立特里亚宪法第六章第48条之规定，最高法院行使国家最高司法权。各级法院在行使司法权力时，不受任何个人和机构的影响、干预和监督。最高法院是国家的最高司法机关，由首席大法官主持，拥有解释宪法、裁定任何法律及政府行为是否违宪等权力。厄立特里亚独立后，临时政府在适当修改的基础上沿用原埃塞俄比亚1957年法典。新的民法、刑法、商法均有待制定。传统法和穆斯林沙里亚法也有一定地位。厄立特里亚法院分村、县、行政区、高等法院4级。高等法院的判决为终审判决。高等法院设法官18名，全部由总统任命。行政区一级法官由高等法院院长提名并由司法部长批准。厄立特里亚检察机构从属于行政系统，总检察长由总统任命并代表政府工作。此外，厄立特里亚还于1998年设立了特别法庭，专门审理政府官员腐败案件，法官由总统任命，具有终审权。