历史上，摩尔多瓦和俄罗斯不接壤。两国间隔着波兰—立陶宛公国和克里米亚汗国。但是，两国间保持着密切的宗教联系。摩尔多瓦的教会和俄罗斯教会共同隶属于拜占庭。两国的宗教人士来往频繁。19世纪，俄罗斯的领土扩张到摩尔多瓦，两个民族开始成为互邻。俄罗斯在与弱小民族相处时表现出来的霸气，破坏了两个民族之间的感情基础。特别是1812年沙俄对比萨拉比亚地区的兼并，苏联1940年重新占领摩尔多瓦时造成的百万人大逃亡及俄罗斯人对摩族人的歧视和成千上万的摩族知识分子被苏联当局流放到西伯利亚等事件均严重伤害了两个民族的关系。1992年8月7日，摩尔多瓦和俄罗斯两国总理就双边关系等问题举行了会谈。摩尔多瓦方面强调在互利与平等原则基础上同俄罗斯发展双边关系，通过文明的途径在不搞任何过火行为的情况下解决一切问题。到2000年，两国关系中仍未妥善解决的主要问题是：俄罗斯从德涅斯特河沿岸地区撤走第14集团军问题。摩尔多瓦独立以后，回归欧洲是其对外政策中的优先方向。在独联体事务中，摩尔多瓦总是站在乌克兰一边充当反对派角色，抵制俄罗斯在独联体中的统治地位。造成这一局面的重要原因之一是俄罗斯迟迟不从摩尔多瓦德涅斯特河沿岸地区