斯洛文尼亚的河流属于黑海流域和亚得里亚海流域，主要河流是萨瓦河及其支流德拉瓦河、索查河和穆拉河。萨瓦河及其支流德拉瓦河、穆拉河是多瑙河的支流，属黑海流域，属于亚得里亚海流域的河流主要是索查河。萨瓦河 是水源最丰富的多瑙河支流，全长947公里，在斯洛文尼亚境内为221公里、流域面积10724平方公里。萨瓦河发源于斯洛文尼亚境内尤利安阿尔卑斯山的特里格拉夫山峰以北，萨瓦博希尼卡河从博希尼湖流出后与萨瓦多林卡河在拉多夫利察汇合（两条河流总长度为41公里，流域面积为388平方公里）而成为萨瓦河。萨瓦河源头的支流还有特尔日什卡比斯特里察河（全长27公里，流域面积146平方公里）、科克拉河（全长34公里，流域面积221平方公里）、索拉河（Sora，全长52公里，流域面积636平方公里）等。萨瓦河流经斯洛文尼亚的克拉尼盆地、卢布尔雅那盆地和迪纳拉喀斯特山区并与其他各条支流汇合后，经过克罗地亚，在塞尔维亚的贝尔格莱德流入多瑙河，然后流入黑海。萨瓦河在斯洛文尼亚境内的其他支流主要有：全部在斯洛文尼亚境内的卡姆尼什卡比斯特里察河（Kamniska Bistrica，全长33公里，流域面积530平方公里）、