与陆军一样，巴拉圭海军也是在弗朗西亚时期创办的，当时它拥有一支由11艘战船组成的舰队。在洛佩斯父子统治时期，海军实力有较大的增长，组建了1个水兵营和1个炮兵营，舰队使用蒸汽船舶。巴拉圭战争初期，海军曾发挥了重要作用，海军舰船从南里奥格兰得河（Rio Grande do Sul）发动进攻，协助巴拉圭军队占领了阿根廷的科林特斯，后来，又与前来袭击的巴西舰队交战，尽管开始处于劣势，丢失了该城，但不久之后又重新取得了对这座城市的控制，并最终迫使巴西舰队退出里亚古埃罗（Riachuelo）。此后，巴拉圭海军继续沿巴拉圭河发起进攻，与阿根廷和巴西海军进行了一场当时世界上最大规模的河上军舰作战。虽然，这次战斗对巴拉圭战争的胜败没有决定性的意义，但战斗中的失利却迫使巴拉圭海军不得不后退至河流上游。之后，巴拉圭海军只有能力进行防卫，再也没有发动过主动的攻击行动。到1868年，巴拉圭海军几乎被全部摧毁。在1876年巴拉圭战争宣告结束后的50年里，巴拉圭海军一直维持着一个很小的规模。直到20世纪20年代末，为了与玻利维亚军队在查科地区进行较量，巴拉圭海军才再次得到了迅速发展。1929年建立海军空中支援部队，