布基纳法索宪法规定，国家司法独立，最高司法委员会为最高司法机构，主席由共和国总统兼任，司法部长为副主席。最高法院为国家司法最高执行机构，下设立法院、司法院、审计院、行政院。最高法院院长由总统任命。1995年，议会通过法律，决定建立由9人组成的特别最高法庭，受理包括总统在内的政府官员渎职罪，并设立隶属于最高法院的存查政府官员财产的机构。2002年7月，布基纳法索对司法制度进行了重大改革。取消最高法院，设立高等法院、行政法院、审计法院和宪法委员会。高等法院为最高司法机构，由民事、商事、社会和犯罪4个法庭组成。行政法院主要审理国家行政机关之间的纠纷和公民对行政机关的控告，下设两个法庭。审计法院是对国家财政执行情况进行监督的最高专门机构，审理国家企业、中央和地方行政机关财经违法案件，下设3个法庭。宪法委员会监督和保障宪法的实施，解释宪法。高等法院院长为谢克·韦德拉奥果（Cheick Ouédraogo），行政法院院长为阿里迪亚塔·达库雷（女，Aridiata Dakouré），审计法院院长为布雷马·皮埃尔·内比埃（Boureima Pierre Nébié），宪法委员会主席为伊德里萨·特拉奥雷