无论是蒙博托执政时期，还是卡比拉父子执政时期，共和国总统一直是刚果军队的最高统帅；最高国防委员会为国家最高国防决策机构，通常由总统和国防、内政、外交等政府部门的国务委员或部长组成，总统兼任主席；国防部为最高军事行政机关，国防国务委员或部长大多数情况下也由总统兼任；总参谋部是最高军事指挥机构，总参谋长以及三军统帅全部由总统直接任免。第一次沙巴战争后，蒙博托一度兼任总参谋长职务。事实上，总统对军队的最高统帅权主要体现在对军队将领的任免上。蒙博托在位期间，还曾成立军事行动与情报处（Military Operations and Intelligence Service），主要职责是对军人特别是军官实行监督，以保证军队效忠于蒙博托。在2003年7月成立的刚果新一届联合过渡政府中，最高军事行政机关改称国防、民主化和退伍军人部，部长为让－皮埃尔·奥代凯恩（Jean-Pierre Ondekane）。