独联体国家国防部长理事会成立于1992年2月14日，它是独联体常设协调机构，是国家元首理事会负责成员国的军事政策和军事建设问题的最高军事机关。其成员包括独联体除摩尔多瓦、土库曼斯坦、乌克兰外的9个成员国的国防部长与总参谋长。3月20日，基辅首脑会议讨论了关于国防部长理事会活动的法律基础与编制原则。8月31日，联合武装力量总司令部成立，9月1日正式开始工作。其主要任务包括对战略核力量的统一监督和集中指挥，协调独联体成员国在保障安全和改造武装力量方面的努力以及制定基本的军事学说原则，对联合武装力量以及独联体的军事观察员小组和集体维和力量实施领导。国防部长理事会和联合武装力量总司令部根据由国家元首理事会批准的现行条例进行活动。1992年11月4日，在莫斯科举行第一次会议，通过了三项协定草案。1993年6月15日，独联体国防部长理事会决定取消独联体联合武装力量总司令一职，设立协调独联体国家军事合作联合参谋部参谋长职务。同年8月24日独联体国防部长理事会会议决定在塔吉克斯坦组建联合防御部队，将独联体联合武装力量总司令部改为军事合作协调参谋部，取消独联体联合武装力量总司令一职，由联合武装力量总参谋