1992年6月9日土阿建交后，两国之间既有合作又有摩擦。双方除有天然气债务问题外，还存在领土纠纷。两国在里海的谢尔达尔、阿泽里和奇拉格三处油田的归属问题上存在分歧，迄今尚未解决。1997年5月，阿里耶夫总统参加在阿什哈巴德举行的中西亚经合组织首脑会议时，提出修建经里海和阿塞拜疆到土耳其的输气管道方案，得到尼亚佐夫总统的赞同。但同年7月，土阿就里海三处油田归属问题发生分歧。7月5日，土库曼斯坦外交部发表声明，指出谢尔达尔、阿泽里和奇拉格油田属土库曼斯坦所有。40134473同月28日，尼亚佐夫总统重申，土库曼斯坦在其所属里海油田问题上坚持其立场，决不妥协。8月22日，阿塞拜疆外交部就领土问题照会土库曼斯坦，指出土方对这三处油田提出的领土要求“不符合国际法”。1999年11月，在美国的斡旋下，土库曼斯坦把与阿塞拜疆的领土争端搁置起来，与管道建设脱钩，在土耳其签订了阿塞拜疆、格鲁吉亚、土耳其三国关于修建里海管道，把土库曼斯坦天然气输送和销售到土耳其和欧洲市场的政府间协定。2001年土阿两国在里海有争议的三处油田的归属问题纷争又起，土外交部7月27日向阿外交部发出抗议照会，强力要求阿方在里海地