内河航道是荷兰运输业的主动脉。其中与德国相连的莱茵河系统又在内河航道中占据重要位置。莱茵河下游两条河道中，瓦尔河河道较宽较深，但下莱茵河河道比较狭窄，航道深度有时达不到行船的要求。为满足日益增长的运输需要，莱茵河在1958年到1970年间进行了航道加深工程。另外，在下莱茵河上修筑了三处护水坝，以保持河道的水位。水坝采用了半圆形闸门，闸门平时开启，以保持航道自由畅通。在需要的时候闸门关闭以提高河床的水位。当闸门关闭时，船闸开始工作，保证船舶继续航行。阿纳姆市下游的1号坝使部分河水转入海尔德斯艾瑟尔河，通过这条河进入艾瑟尔湖。在崴克拜杜斯特德上游的第二号坝的功能是控制阿姆斯特丹—莱茵运河与下莱茵河交汇处的水位，以保证这条极重要的水路枢纽畅通无阻。第三号坝位于维亚嫩上游，其功能是将涨潮时的海水阻断，防止上游土地盐碱化。荷兰的运河网在内河航运中也发挥着巨大的作用。荷兰的运河纵横交错，密如蛛网，无论大小运河上都可以看到机动船。荷兰共有运河约4500公里，其中3/4河段可通航650吨以上的船舶。20世纪初以来，船舶的数量增加和船舶的吨位扩大要求内陆水道系统不断改进。一方面某些较小的运河已经退出使用