西撒哈拉属热带沙漠气候，冬天干燥而夏天酷热，白昼温度最高可达65℃，夜间寒冷，最低可降至0℃。相对来讲，西部沿海地区由于临近大西洋，气候较湿润，清晨时产生雾和露水。东部高原气候干燥，降水量极小，在30～50毫米之间。在此种气候条件下，沙暴时有发生，其时遮天蔽日，飞沙走石，给当地的生产和生活带来极大的困难。