在纳米比亚独立前，博茨瓦纳支持纳米比亚解放运动组织争取民族独立的斗争，并在1989年联合国实施关于纳米比亚独立的“435”号决议过程中起了重要作用：博茨瓦纳常驻联合国大使约瑟夫·莱夸伊拉担任联合国过渡时期协助团的副特别代表，监督为实现纳米比亚独立举行的制宪会议选举。1990年3月，纳米比亚独立，博茨瓦纳即与纳米比亚建交。建交后，两国领导人互访，发展友好合作关系。两国设有混合委员会，定期举行会议，商讨双边合作问题。两国还签订了加强文化和教育合作协议以及防务与安全谅解议定书。2003年11月，博茨瓦纳、纳米比亚和南非就共同利用博茨瓦纳境内的横跨卡拉哈里沙漠公路签订了“横跨卡拉哈里走廊谅解备忘录”。这条在博境内的横跨卡拉哈里沙漠的公路使南部非洲地区国家向美国和欧洲市场出口贸易运输缩短了5～10天，从而降低了出口商品成本和提高了国际竞争力。博茨瓦纳从纳米比亚进口部分石油产品。两国在边界河岛屿归属、边界地段划线和卡普里维分离主义者要求在博茨瓦纳避难等问题上有过争端和纠纷，但都能通过友好协商得到和平解决，没有影响两国友好合作关系的发展。两国都是南部非洲关税同盟和“萨达克”成员国。