克罗地亚1991年6月25日，宣布成立独立的主权国家后，塞尔维亚共和国不予承认，并在克罗地亚境内的武装冲突和战争中支持塞族一方，而在波黑战争中克、塞则分别支持本民族的一方，使两国关系十分紧张。克罗地亚独立之初，前南国际大会为了制止武装冲突、建立和平以及消除武装斗争造成的灾难，曾敦促两国实现关系正常化。但直到武装冲突停止后，两国才开始建立直接的双边关系。1994年1月，在国际调解下两国签署联合声明，决定开始关系正常化进程。随后克罗地亚在贝尔格莱德，塞尔维亚和黑山（当时称南联盟）在萨格勒布分别开设了代表处。1994年3月10日克罗地亚在贝尔格莱德设立了政府办事处，两个月后南联盟也在萨格勒布设立了政府办事处。办事处的工作主要是建立和加强两国间的联系。代顿协议签署后，两国关系仍很紧张。本来1995年12月14日就应签署的相互承认的协定，由于双方在如何分配前南的外国资产问题上争论不休，该协定被推迟。另外克罗地亚对东斯拉沃尼亚采取军事行动的威胁也是双方关系紧张的源泉。1996年达成开放两国间的交通线的协议，萨格勒布—贝尔格莱德公路以及希德（Šid）—托瓦尔尼克（Tovarnik）铁路得以重新开放，