马里的科学研究开始于殖民统治时期。二次大战前，法国热带农业研究所和热带医学研究所的分所是马里第一批科研机构。1944年又创立了法国黑非洲研究所分所，从事非洲历史、地理、社会、语言等方面的研究。所内附设有资料室、图书馆、植物园和动物园。1962年，法国黑非洲研究所分所改组为马里人文科学研究所，归青年、体育、艺术和文化部领导。人文科学研究所设有考古、历史、民族、经济、语言和宗教等研究室，出版《马里研究》杂志。1967年建立了全国最高科学技术研究委员会。马里除人文科学研究所外，还在巴马科设立了全国艺术研究所，通布图有研究阿拉伯文献的艾哈迈德·巴巴研究所。从事地质学方面研究的有全国矿产资源勘探和开发公司文献处。从事医学研究的有殖民统治时期遗留下来的法国研究所分支机构——热带眼科（砂眼）研究所、马尔舒研究所（研究和治疗麻风病）、植物疗法和传统医学研究所（建于1968年）以及研究马里常见病（寄生虫、细菌性和病毒性等热带疾病）的人体生物研究所（建于1972年）。从事农业研究的有1968年成立的马里农业研究所以及殖民统治时期遗留下来的法国各研究所在马里的分支机构，如棉花和外来纤维作物研究所、热带农业研