乌拉圭有6个商用的海港或内河港口：蒙得维的亚、弗赖本托斯、新帕尔米拉、派桑杜、埃斯特角城、科洛尼亚和胡安拉卡塞。蒙得维的亚港是全国最大的海港，也是拉普拉塔地区最大和最深的天然良港之一。年吞吐量为2074万吨。港口占地70公顷，共有12个船台。1997年共有5944艘船进港，装卸集装箱14.56万个，并以每年20%的速度增长。新帕尔米拉港主要装卸冷藏产品，也装卸一般货物和集装箱。弗赖本托斯港自2001年开始也装运林业产品。1990年，全国港口管理局（ANP）进行了结构性改革，就业人数从1990年的4350人减少到1997年的1550人，并降低了港口收费。内河航运仍是内陆运输的主要工具，可航运的水路全长1600千米。但这种运输不是很重要，只有乌拉圭河的运输量较大。吃水在4.2米的远洋运输船沿乌拉圭河向北行驶最远可到派桑杜，吃水在2.7米的船最远能行驶到萨尔托。每年的内河航运量为191.5万吨。本地区交通运输的一项大工程之一是改善巴拉圭—巴拉那河的航运条件。此河全长3442千米，终点为乌拉圭的新帕尔米拉港。这项工程将使玻利维亚、巴拉圭、巴西内陆地区至拉普拉塔地区的旅行时间大大缩短。