巴林人信仰的宗教有犹太教、基督教、祆教与伊斯兰教。在波斯统治巴林期间，犹太教、基督教和祆教都相继传入巴林。公元3～4世纪，许多巴林人信仰基督教。5世纪初，基督教的景教（Nestorians）在巴林传播开来。从教堂记录可以看出，在伊斯兰教传播以前，巴林有2～5个基督教教堂。7世纪，伊斯兰教传入巴林，成为巴林人信仰的主体宗教。巴林的伊斯兰教包括居主导地位的逊尼派和处于次要地位的什叶派。前者与逊尼派主导政权的阿拉伯国家联系紧密，后者坚持伊斯兰教的十二伊玛目学说，长期与伊朗的什叶派密切联系，并经常去伊拉克圣城纳杰夫和卡尔巴拉朝觐。目前巴林境内信仰伊斯兰教人数占总人口的85%，其中，什叶派占2/3，逊尼派占1/3。巴林实行宗教信仰自由政策，国内的外籍居民大多信仰基督教，占外国人的92%，其余外籍居民大多数信仰印度教、佛教和犹太教。为了缓和教派矛盾，巴林政府推进住房改革，修建了“熔炉城”，要求逊尼派和什叶派和谐地生活在一起。逊尼派和什叶派的清真寺也并排而建。尽管如此，二者的融合并不顺利。15世纪，巴林与伊拉克的库法和纳杰夫一道成为什叶派宗教教育和学术研究的中心。1782年，信奉逊尼派的哈利法部落自