苏联解体前夕，乌兹别克斯坦就与巴基斯坦签署了15项合作文件。1992年6月底，巴基斯坦总理谢里夫访问乌兹别克斯坦，与乌兹别克斯坦总统卡里莫夫签订两国国家关系原则与合作条约、建交议定书、经贸合作协议。双方还讨论了地区问题，包括巴基斯坦与印度关于克什米尔的争端、阿富汗局势等。同年8月，卡里莫夫访问巴基斯坦，与巴基斯坦领导人签署两国政府间关于能源、邮电和通讯、灌溉、相互保护投资、银行合作等政治、经济、文化领域进行合作的总共18项协议。1995年5月，巴基斯坦总理贝·布托访问乌兹别克斯坦，与乌兹别克斯坦领导人签署两国间关于避免双重征税、科技合作、发展旅游等协议。11月，贝·布托再次应邀访问乌兹别克斯坦，与乌兹别克斯坦总统卡里莫夫就发展两国交通、经贸合作，以及地区安全与和平、阿富汗局势等问题进行会谈。两国在经贸领域合作的进展比较缓慢，到1995年，两国的贸易额在乌兹别克斯坦外贸总额中仅占0.3%。1997年在乌兹别克斯坦注册有116家乌巴合资企业，其中真正运营的不超过15家，主要是皮革厂（5家）、纺织厂（3家）40137031。