进入5世纪后半期后，近畿各地的大型古坟逐渐衰退，只有被推测为大王墓的巨大古坟巍然矗立着。此外，吉备、山阴、北陆以及列岛中部等地区的古坟的规模也于这一时期开始变小，九州北部的古坟也在磐井的岩户山古坟之后整体上规模变小了。虽说如此，仍有部分地区存在大型古坟，特别是关东各地，整个6世纪都在建造大规模的前方后圆坟。这反映了近畿的大王在列岛西部众首领中的权威明显增强，也反映了列岛东部特别是关东各首领在受其影响的同时，并未失去独立性。此处也体现了列岛西部与东部的社会差异。与此同时，5世纪后半期前后，从朝鲜传入的带有横穴式石室的古坟出现在九州北部，又从吉备传播到近畿。到了6世纪，以近畿为首，列岛西部的首领的坟都改用横穴式石室了。6世纪中期以后，从本州东北南部到九州南部的各地区，也出现了大量带有横穴式石室的小古坟（群集坟）。而且，这一时期，首领的随葬品已经不再是以往的前方后圆坟中象征着巫术权威的镜、玉和剑等了，而是用金和银装饰的闪亮的武器和各种玉类，而埴轮也开始以象征着对首领的服从的人物和动物埴轮为主流。就这样伴随着5世纪末到6世纪初的社会体制的变化，古坟的面貌发生了巨大的变化，进入了一般称为古坟时代