西班牙人到达现在的比奥科岛和木尼河的沿海地区时，这里到处是茂密的原始热带雨林。西班牙人到这后最先掠夺的便是丰富的林业资源，伐木业成为当时最大产业。木材品种繁多，质地优良的木材逾150种，其中包括红木、非洲胡桃木和桃花心木，其中的红木乌木为稀有珍贵树种，据说只生长在赤道几内亚、尼日利亚和加蓬等三国。虽然国土狭小，赤道几内亚有森林面积220万公顷，主要分布在木尼河大陆地带，木材蓄积量约为3.74亿立方米，胸径60公分以上的商业木材可采量达3320万立方米。是世界上人均森林面积最高的国家之一，享有“森林之国”的美称。可可树是西班牙人于19世纪初引进的，现在广泛分布在全国各地。赤道几内亚的可可以水分少、壳薄、油多著名，远销欧美等地，赤道几内亚因此被称为“可可之国”。咖啡和棕榈也是该国重要的经济植物。赤道几内亚本地生产的食用植物有木薯、芋头、玉米、香蕉等；蔬菜有西红柿、大椒、扁豆、洋白菜、土豆等。