1974年5月9日两国建交。1977年2月双方签署了军事协议，根据协议，古巴向乌干达提供武器和军事人员。不久，古巴高级军事代表团访问乌干达，双方就军事援助进行会谈。1986年两国就易货贸易签署了协议，协议规定乌干达向古巴提供豆类，以换取古巴的技术指导，1988年乌干达因货源不足而中止协议。1997年9月双方签署有关外交方面的合作协议和互免签证的协议。穆塞维尼执政后，双方高层互访增多，他曾于1988年访问古巴。1999年9月，乌干达第二副总理兼工业、贸易、旅游部长阿里访问古巴。2002年2月，古巴外交部长访问乌干达，穆塞维尼总统同他就双边卫生和教育合作与发展进行了会谈。2004年3月，古巴副总统埃斯特班·拉索访问乌干达，双方就加强经济合作、乌干达在哈瓦那重开使馆等问题进行磋商。2007年乌干达副总统回访古巴。2009年3月，乌干达副议长丽贝卡·卡达卡（Rebeca Kadaka）访问古巴，双方就议会交流、合作进行会谈。同年11月30日，穆塞维尼总统抵达哈瓦那，对古巴进行4天的国事访问，参观了古巴的医疗、教育及油气开发机构。访问期间，他表示乌干达将派更多的石油技术人员到古巴学习，并要求乌干