乌干达与坦桑尼亚和肯尼亚一样曾同属英国的殖民地，早在1917年乌干达与肯尼亚建立了关税同盟，坦桑尼亚于1927年加入。1948～1961年期间，英国在东非三国设立了东非高级专员署和东非议会，统管三国事务。1961～1967年成立了东非共同服务组织，负责三国公共设施等。三国相似的文化、共同的语言、同样的教育体系、相同的合作基础以及共同的民族主义情感等，使它们休戚与共。它们相继独立后就于1963年签订了成立东非联邦的意向性协定，1967年建立了东非共同体（East African Community，EAC）。1977年，由于乌干达和坦桑尼亚担心肯尼亚在经济上的强势地位，而肯尼亚和坦桑尼亚又反对乌干达的阿明政府，以及相互之间的政治分歧和不断的经济摩擦，导致共同体解体。尽管东非共同体寿命很短，但却推动了乌干达自独立伊始就参与地区合作事务。穆塞维尼上台后，“抵运”颁布的《十项纲领》就批评东非共同体的解散是个极为短视的做法，强调非洲各国之间，特别是东南非国家之间的团结合作。1993年11月，乌干达与坦桑尼亚和肯尼亚开始恢复合作。1996年3月14日，三国成立东非合作体秘书处。1999年11月30