乌干达位于内陆，进出口货物须经由肯尼亚港口蒙巴萨，因此历届政府都重视与肯尼亚的关系。20世纪60年代，乌干达政府同肯尼亚一直保持着良好的睦邻关系，互不干涉内政。但是，60年代末奥博特总统开始推行较为激进的国内外政策，而肯尼亚独立后实行资本主义发展道路，其领导人对乌干达政府的政策甚为担心。1971年阿明政变上台后不久，肯尼亚政府承认了阿明政府，并迫使流亡在肯尼亚的奥博特离开内罗毕。随着阿明政府转向对苏联、利比亚友好，驱逐以色列人，以及肯尼亚知名反殖民统治的斗士昆古·卡伦巴在乌干达失踪等事件，两国关系转为冷淡。在阿明统治期间，肯尼亚商人利用乌干达各种物资缺少的契机，取代了英国商人的主要商业伙伴的地位。然而，肯尼亚的很多出口商品实际上是从美国和欧洲转运而来的，这些商人经常用这些商品换回大量乌干达咖啡，然后走私到肯尼亚，卖给肯尼亚政府。1976年，阿明突然宣布，根据原来殖民时期的边境，肯尼亚纳瓦沙湖（Lake Naivasha）以西的大片土地都应该归乌干达所有，这使肯尼亚与乌干达的商业关系大受挫折。后来在乌干达发生的袭击肯尼亚卡车司机、肯尼亚学生埃丝特·彻西雷（Esther Chesire）失