卢旺达是与乌干达西南部接壤的邻国。两国在政治、经济和文化上有很多关联。1959年，卢旺达胡图族人从图西人手中夺取政权，对图西人进行了大屠杀，大批图西人（约30万人）逃往乌干达。1963年和1973年又先后发生了卢旺达屠杀、迫害图西人，引起涌入乌干达的难民潮。因此，长期以来难民问题是造成两国关系紧张的原因。在奥博特第一次执政时期，奥博特和卢旺达前总统都推崇“社会主义”，双方都有所克制，没有太大冲突，但两国关系一般。在乌干达，由于奥博特对卢旺达难民实行限制、排斥的政策，阿明政变上台后许诺帮助卢旺达难民恢复图西王国，得到很多卢旺达难民的支持；加上阿明在执政之初指责卢旺达帮助一些反阿明组织试图推翻其政府，致使两国关系恶化。在奥博特第二次执政时期，不少在乌干达长大的卢旺达青年加入了穆塞维尼领导的“全国抵抗运动”，乌干达政府则视卢旺达难民为穆塞维尼的支持者，因而发生了1982年驱逐卢旺达人的事件。因为卢旺达拒绝这些人入境，他们被迫滞留在乌干达边境直至90代。穆塞维尼执政后，不少经过浴血混战、反对奥博特政府的卢旺达人被任命为高级将领或政府高官。到了80年代末，卢旺达人突然从乌干达军队撤出，成立了卢旺