刚果（金）是乌干达西部的邻国，1960年刚刚独立时称刚果（利），不久该国发生了暴力冲突，3.3万难民进入乌干达。1966年，国名改称刚果（金），同年爆发了反对亲西方的冲伯[1]集团的辛巴武装叛乱。奥博特私下命令阿明支持反叛军队，被揭露后遭到议会的反对，这几乎导致他下台。在奥博特第一次执政期间，刚果（金）反政府武装常常以乌干达为基地跨境袭击刚果（金）军事目标，导致两国关系紧张。1971年阿明政变上台后与扎伊尔总统蒙博托关系友好。穆塞维尼执政后，双边关系再度紧张。1987年，因穆塞维尼政府打击边界上走私行动和双方对边界上湖泊的捕鱼权的争执，引起双方军队多次冲突。80年代末，一些反对蒙博托总统的扎伊尔人开始组织起来，蒙博托指责乌干达政府支持扎伊尔反政府组织。1989年1月，阿明企图从扎伊尔回到乌干达北部，但是在金沙萨机场被认出并被捕。在没有得到乌干达政府同意的情况下，扎伊尔政府允许阿明返回流亡在沙特阿拉伯的家。1990年9月，穆塞维尼和蒙博托同意合作解决边境安全问题，但双边关系并未因此而得以迅速好转。1997年，乌干达支持卡比拉推翻前扎伊尔蒙博托政权。卡比拉上台之初，两国关系十分密切，国名再