公元5世纪期间，罗马的势力在地中海迅速衰落，汪达尔人得以在北非建立起一个王国。随着王国的日益强大，汪达尔人迅速建设起一支强大的海军，开始袭击马耳他和西西里。公元6世纪期间，拜占庭人控制了马耳他和西西里。公元9世纪中期，穆斯林从阿拉伯本土向外扩张，在北非、西班牙和西西里征服了大片地区。公元870年，他们夺取了拜占庭人所控制的马耳他岛。阿拉伯人对马耳他两个世纪的统治在文化上和经济上都给列岛以深远的影响。当时的马耳他语基本上就是阿拉伯语。在此期间，马耳他的经济有了较大的发展。当时的一些记载一直流传至今：“城镇村庄，林木水果。”这种描述使人眼前呈现一幅四野葱绿、富庶兴旺的画面。一些保存至今的史料证明，在阿拉伯统治时期，列岛上人工栽培的果木相当多。阿拉伯人带来新的农作物，大力变革岛上的耕作方式，并利用灌溉进行耕作。尤其以发展棉花和柑橘作为农作物的重点，棉花在马耳他的农业经济中占重要地位曾达数世纪之久。阿拉伯人统治地中海中部时期，贸易也有了较大的发展。马耳他本身也成为阿拉伯人的贸易站。阿拉伯人把罗马时代的旧都再度设防，并更名为姆迪纳（即“城市”之意）。阿拉伯人还兴建了今天的圣安德鲁要塞和要