1980年11月14日，马耳他外交部长会见冰岛外交部长，双方就建立外交关系问题和建立渔业合作关系等方面进行协商。两国努力在旅游、文化和商业上进行合作。1995年10月13日，冰岛总理和马耳他总理就两国关系和与欧盟关系等问题进行会谈。两国正式外交关系建立于1998年7月3日。8月21日，冰岛卫生和社会保障部部长到马耳他访问，签署了健康合作协议。2001年7月，马耳他经济服务部部长访问冰岛，就加强两国经济联系、加强投资力度和贸易往来、医药产品进出口等问题进行协商。马耳他和冰岛两国间签订的主要协议有：1967年的《签证互免协议》，1998年的《健康和医药合作协议》，2004年的《避免双重征税协议》等。